xyzzy wikiで昨日設定した問題を質問したら答えが返ってきた。
どうやらelispのパッケージ内で別のcall-process関数が定義されていたみたい(つまり、関数のオーバーライドみたいな感じか)。
これによってセクション全体のコメント化のプログラムもきちんと動くようになった。
今までは追加していくごとに、(in-package "elisp")などを追加していたけど、必要なところが一旦終わったら(in-package "user")で元に戻しておくのが推奨された方法なのかも。
追記
質問版でのある回答では、パッケージごとにファイルを分けることを推奨している人がいた。
